企业劳动规章制度不合法的，要承担不利的法律后果。主要是：
（一）不具有效力
如果劳动规章制度的内容不合法、制定程序不合法，它就不具有效力，对员工不产生任何约束力，不能对员工进行有效管理。
（二）行政处罚
企业制定的直接涉及劳动者切身利益的规章制度违反法律法规规定的，由劳动行政部门责令改正，给予警告。
（三）员工流失
企业的规章制度违反法律法规规定的，损害劳动者权益的，劳动者可以解除劳动合同。企业还要向劳动者支付经济补偿。
（四）损害赔偿
企业制定的直接涉及劳动者切身利益的规章制度违反法律法规规定的，给劳动者造成损害的，应当承担赔偿责任。
（五）不予适用
企业劳动规章制度内容不合法，不仅对员工不具有约束力，而且也不能作为处理员工关系的依据，最高人民法院关于审理劳动争议案件若干问题的司法解释明确规定，劳动规章制度内容合法，经过民主程序，并向员工公示的，才能作为审理案件的依据。
五、其他注意事项
1、企业应建立的劳动规章制度不能违反国家劳动保障法律法规，尽量注意内容的完整、准确和全面。
2、制定（修改）规章制度的每一步程序都要有完整的记录、相关人员的签字。
3、企业在向劳动者公示告知规章制度后，应请劳动者填写《企业劳动规章制度送达告知签收表》（见第33页）。
4、对于总公司的规章制度和重要规定，分公司应通过工会或者全体职工（不能是职工代表，否则无效）进行学习讨论，由工会或者职工提出方案和意见，然后由分公司再根据职工的意见以分公司的名义下发文件，将总公司的规章制度和重要规定转化为分公司的规章制度和规定。但如果总公司在制定规章制度和其他重要规定时，已经向包括分公司职工在内的全体员工履行了民主协商和公示、告知程序，且规章制度的内容合法、合理，该规章制度对子公司职工产生法律效力。
5、在规章制度里尽量不要采用“罚款”的处罚形式。如企业使用这种形式应注意三点：一是罚款的数额不得超过职工月工资的20%；二是罚款后的工资不得低于当地最低工资标准；三是适用“一事不再罚”的原则，对同一次过错不能给予两次（含两次）以上的罚款。