公司各部门的制度一般包括部门管理规定、部门内部奖金分配办法、部门内部考勤规定等，一般不能发生规章制度的法律效力，发生劳动争议时不能作为法院的裁判依据。
但是，在一些特殊情况下，部门的规定仍然可以具有规章制度的效力：
1、部门制定的规定，公司以公司“经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定”，公司授权部门以部门名义发布，该种情况具有公司规章制度的效力。
2、公司依法制定的规章制度授权部门具有制定具体规定的权限，而部门的规定没有超越规章制度的授权范围的。
鉴于以上的情形，为确保公司部门的规定可以适用到各个部门的员工并可以发生规章制定的效力即发生争议时可以起到作为裁判依据的效力，魏云律师所做如下建议：
1、涉及到的所有公司部门规定尽量都纳入到公司的规章制度中予以明确；
2、如果确实是无法纳入到公司的规章制度中，则要在公司的规章制度中授权各个部门可以对何种事项作出具体的规定，并明确部门管理规定生效的程序。