与此同时，飞船内也出现了神秘闪光。奥尔德林回忆说：“突然间我看到一道闪光。我吓了一跳，想到可能有东西进了飞船。我问他们两个，尼尔说他看到了，而且是上百次。”这些闪光让人担心。在没有空气的太空里，任何东西把飞船穿透都会造成灾难。奥尔德林向控制中心报告了这一情况，宇航员们被告知，那些是高速重粒子，能够穿透飞船甚至人体。只有长期暴露在这种粒子下，人体才会出现损伤。阿波罗11号在重粒子不断轰击下继续飞行。
奇怪的是，当飞行员睡了一觉醒来之后，飞船后面的神秘物体已经消失了。用手能把舱壁戳穿关键时刻电脑死机。
飞船进入环月轨道后，宇航员开始为这次旅行中最危险的部分做准备。阿波罗11号在月球上空80英里处盘旋。阿姆斯特朗和奥尔德林进入“鹰号”登月舱，科林斯留在主控舱里。为了减轻重量，登月舱的舱壁非常薄，因此宇航员们要相当小心。阿波罗11号主管吉恩·克兰兹说：“如果你用指头用力戳，你甚至可以把舱壁刺穿!它只相当于2层铝板的厚度。”
问题出现了。就在飞船着陆月球的关键时刻，飞船上的计算机突然死机，不断显示错误代码。奥尔德林回忆说：“无论我们怎么调整，计算机都不断发出警告。”原来，着陆雷达提供的信息超过了飞船计算机的承载量，过多信息进入了计算机里。这一意外让登月舱里的宇航员惊得目瞪口呆。庆幸的是，他们最终解决了这一问题。引擎燃料严重不足15秒时间完成降落。
登月继续，但引擎的燃料严重不足。宇航员必须在15秒内登月，但在以往的训练中，宇航员们通常需要至少10分钟完成降落。两人决定立即降落，最终引擎熄火，登月舱安全着陆。地面控制中心里很多人已经紧张到脸色发青。准备开始月球漫步舱门竟然无法打开。
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